Прежде, что-либо делать, нужно решить что это будет. Вот основные концепции, которыми мы будем руководствоваться. Кому есть что добавить, советуйте на форуме.

1). Статус.
Полный FreeWare. Вопрос об лицензии на саму ОС пока не рассматривается, но за наши разработки с вас никто денег не возьмёт.

2). Модульность.
Система разбивается на части: ядро и модули.
Ядро - это основной компонент, по сути, сама система. Ядро не нуждается в других компонентах для запуска. Ядро имеет минимальную функциональность и размер. Всё, без чего система может работать (относительно стабильно), ядром не считается.
Модули - добавочные компоненты. Каждый модуль расширяет возможности системы. Модуль может быть независимым (самодостаточным) и зависимым (требует другие модули для работы).
Каждый пользователь закачивает только те модули, которые ему нужны, чем экономится время и деньги.
Это в теории. А на практике это означает вот что: вы ставите систему (тоесть ядро), после чего устанавливаете любые модули на ваш вкус и ваши нужды. Мы не считаем корректным навязывать пользователю какие-нибуть, даже самые популярные, программы.

3). Интерфейс.
В общем останется тем же, и в Винде. Если интерфейс и будем переделывать, то облегчать. В первую очередь избавимся от ненужных рисунков, которых в Windows полно.

4). О модулях. По сути, любой модуль - это программа, набор программ, или ещё какие-нибуть ресурсы. Например, можно сделать модуль с цветовыми схемами. При установке такой модуль запишет схемы в реестр, откуда ОС их считывает. При удалении, модуль сотрёт эти данные, освободив при этом место и облегчив реестр. В основном, модулизировать стоит только те программы, которые серьёзно встраиваются в систему. И то исключительно с целью их правильной установки и удаления. Делать же, например, модуль с установкой Калькулятора или Блокнота нет смысла. Так же нет смысла как-либо навязывать пользователю Браузеры, Download Manager'ы, разные там редакторы, просмотрщики, и т.д.
Исключения будут. Например Блокнот. Он будет в составе ядра. Хотя никто не мешает вам его заменить или удалть, всё-таки он, наверное, будет установлен по умолчанию.
Второе исключение - утилиты, типа MSConfig. Минимальный набор должен быть. Но только минимальный.

5). Shell. Никаких Експлореров. Ни от 95-го, ни от 98-го, ни даже от ХР. Пусть Юзер сам выбират себе. По умолчанию - WinFile.exe - примитивный, но очень стабильный и нетребовательный к библиотекам файловый менеджер. В перспективе - LiteStep.

6). Файловая система. Что касается названий файлов/папок, ТОЛЬКО дос-совместимые. Тоесть формат 8.3, никаких пробелов, никакой латиницы. FAT32 для этого не готова. Вам тоже не советую выходить за эти пределы в особенно важных ситуациях. Пока система стабильна, всё отлично. Но при серьёзных сбоях, первоё, что летит - это файлы с именами кириллицей.